拿破仑三世在1852年将法兰西第二共和国改为法兰西第二帝国直到1870年，与《南京条约》无关，另外传教方面的特权最早是在《天津条约》中获得，故A项错误；按材料所述，外国人进入中国内地自由传教和公使驻扎北京的特权是从1858年的《天津条约》获得的，而“归功于北京的密切注视条约执行的公使”说明“条约”是在公使已经驻扎到了北京之后签订的，结合拿破仑三世的在位时间，故B项正确；《马关条约》和《辛丑条约》规定的条款中没有涉及材料相关内容，而且与拿破仑三世在位时间相去甚远，故C、D项错误。