B

 据材料“麦哲伦的环球航行不仅以无可辩驳的事实证明了地圆学说的科学性，而且还直接驳斥了教会有关地球的各种谬论”可知，麦哲伦的环球航行冲击了基督教的思想体系，冲击了教会神学的统治基础，故选B项；近代自然科学诞生于15世纪下半叶，是受文艺复兴和宗教改革的影响，排除A项；文艺复兴的发展促使人们关注现实生活，排除C项；宗教改革动摇了欧洲人的宗教信仰，排除D项。