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①理藩院是清朝时处理外藩事务的部门，始创于清朝皇太极年间；雍正时设军机处，军机大臣由被指派的朝臣兼职充任；水师提督是清朝地方的高级军事长官，①为清朝；②秦朝在中央设三公，丞相、御史大夫和太尉；在地方实行郡县制，“郡”是直属于中央的地方行政设置，设郡守、郡尉、监御史等职官，②为秦朝；③明成祖设内阁；锦衣卫是明朝时期的专有特务机构，锦衣卫指挥使，为锦衣卫首领，③为明朝；④宣政院是元朝统治中国时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，初名总制院，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃地区的军政事务；元朝在地方实行行省制度，④为元朝；故按时序排列正确的是②④③①，选择B项符合题意。