C

根据题目“向他们颁发皇家特许状……市镇内联合起来……皇家特许状还准许……组织行会’”结合所学可知，13世纪，许多中世纪的城市取得了一定程度的自由与特权，城市取得自由和自治权的形式，是从国王或领主手里取得“特许状”，因此“他们”是中世纪的城市居民，故选C项；古代印度的首陀罗是种姓制度的第四等级，属于被征服者，处于被奴役压迫的地位，与题意不符，排除A项；雅典城邦的公民有参与政治的权利，雅典实行民主政治，与题意“特许状”等不符，排除B项；武士阶层是幕府的统治基础，身份并不是商人和工匠，排除D项。