C

据“13世纪中叶”“对亚里士多德著作提出质疑”“其学生也曾进行科学实验和讲学，批评神学”可知，中世纪大学鼓励质疑的科学精神，故选C项；文艺复兴兴起于14世纪中叶，排除A项；中世纪大学仍然受到基督教会和国王的影响，并未摆脱教会的思想束缚，排除B项；城市居民常用金钱赎买和武力斗争的手段取得城市的一定的自治权，排除D项。