B

 根据所学知识三公九卿制是秦汉时期的中央官制，与题干中“贞观初年”时间不符，故A选项错误。根据材料“贞观初年，太宗签署……但文件到门下省，魏征不同意，退回中书……”及所学知识，这种机制是唐朝的三省六部制，故B选项正确。内阁制是明朝的机制，故C选项错误。根据所学知识行省制是元朝的机制，与题干中时间不符，故D选项错误。