D

 ①项，军机处最初是雍正帝为了对西北用兵而设立的，后来成为加强封建皇权的统治工具。故①项错误。②项，1685年，为了收复被沙俄侵占的领土，康熙帝组织军队对俄国侵略者进行反击，并取得了雅克萨之战的胜利。故②项正确。③项，为了平定准噶尔的叛乱，清朝从康熙帝时期便开始对其进行征讨。康熙帝曾三征噶尔丹，最终使其兵败身亡，有力地维护了西北边疆的统一。故③项正确。④项，1652年，五世达赖进京弘法，顺治帝对其进行册封。故④项错误。⑤项，康熙五十二年，康熙帝依照旧例，赐给五世班禅金册、金印，册封他为“班禅额尔德尼”。故⑤项正确。⑥项，金瓶掣签是藏族认定藏传佛教最高等的大活佛转世灵童的方式，是清乾隆五十七年（1792年）正式设立的制度。故⑥项错误。综上所述，②③⑤正确，①④⑥错误，故本题正确答案为D。