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 根据题干“秦朝巩固中央集权措施”应该是指中央与地方的关系，重点是“最基本”的是对于地方的治理是实行郡县制，故选D项；皇帝制度是为了加强君主专制，排除A项；三公九卿制是中央官制的调整侧重于中枢权力机构的改革，排除B项；军事上加强中央集权是修筑万里长城，抵御匈奴入侵，排除C项。