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元朝作为少数民族建立的统一王朝，为了有效统治多民族国家，采取了因俗而治的策略，即在少数民族地区设立特殊的地方政权机构，如长官司，并任命当地有威望的人士担任长官。这既体现了对当地文化和传统的尊重，又有利于维护中央集权，故选A项；四等人制是元朝的一种民族歧视政策，将全国各族人民分为四等，但在长官司的设立和官员任命上并未明确体现这一原则，排除B项；虽然长官司制度在明清时期继续沿用，并成为土司制度的一部分，但并不能直接断定这一制度埋下了西南分裂割据的隐患。实际上，土司制度在维护边疆稳定和促进民族融合方面发挥了积极作用，排除C项；元朝确实建立了大一统中央集权国家，但长官司制度的设立并不是建立这一国家的直接原因或标志，排除D项。