D

 古代农业是在明清时期发展到顶峰，故A项错误；材料呈现的是农业生产工具和新式农具不属于近代科技，再者近代自然科学则是指从16～19世纪这一时期的自然科学，又称为近代实验自然科学，时间不符，故B项错误；中国古代农业的经营方式并没有发生改变，故C项错误；通过改进农具，来提升农业的产量，这指的是精耕细作的模式的发展，故D项正确。