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据材料可知，从东汉永和五年到南朝宋昇明三年，湖南地区官府掌握的户口数和人口数的下降幅度很大，结合所学可知，从东汉末年开始，北方战乱不断，北方人民为躲避战乱，大量流亡南下，南方人口相对来说，下降幅度较小，而材料中的官府掌握的户数和人口数十不存一，这主要与这一时期豪强势力的壮大，豪强势力隐匿人口有关，很大一部分户数和人口数被豪强大族掌握，故选C项；瘟疫通常是区域性的、短期的，不太可能导致长期、持续的下降，特别是几百年的人口持续下降，因此，大规模的瘟疫流行不是这一时期官府控制人口大幅减少的主要原因，排除A项；此时期南方相对安定，排除B项；官府组织移民的这些人口还是被官府掌控，不会导致官府掌握的人口数大幅度下降，排除D项。