C

根据材料“1938年，国民政府在四川......壮丁队长”结合所学知识可知，1939年正处于抗日战争时期，国民政府推行新县制，规定乡镇长、中心小学校长、壮丁队长由一人担任，这有利于在基层实现政治、教育和军事力量的统一调配，集中力量反抗侵略，C项正确；
根据材料信息可知，题干中主要强调的是国民政府在乡镇层面实行新县制，加强基层管理和控制，没有明确体现出其反共倾向在滋长，排除A项；
根据材料“规定在乡镇层面由一人同时担任乡镇长、中心小学校长、壮丁队长”结合所学知识可知，新县制的推行是国民政府加强对地方控制的举措，而不是使得地方割据势力日益坐大，相反，是为了削弱地方割据势力，加强中央对地方的管理，排除B项；
根据所学知识可知，人民战争的抗战路线是中国共产党提出的，强调依靠人民群众进行抗战，国民政府的这一举措主要是从其自身统治和抗战需要出发，并非践行人民战争的抗战路线，排除D项。
故选：C。
本题考查了抗日战争，要求学生阅读史料并结合所学作出回答。
本题考查了抗日战争，要求学生具有解读材料信息，调动和运用知识分析历史问题的能力。