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据材料“最下层……第二层……第三层……”并结合基础知识可知，山东城子崖遗址的考古发现表明，该地区经历了从新石器时代的黑陶文化到岳石文化，再到周文化城址的发展过程，这三层叠压的文化层级清晰地展示了从新石器时代到青铜时代的文明发展脉络，印证了远古文明的演进历程，故选D项；黑陶文化主要存在于龙山文化，属于新石器晚期而非早期，排除A项；虽然城子崖遗址最下层的黑陶文化层与殷墟出土的陶器、卜骨相近，但文化的发展和演变是一个复杂的过程，黑陶文化与商周文化之间存在着技术和文化的传承关系，“直接”一词表述不当，排除B项；城子崖遗址虽然时间上与夏朝存在重叠，但城子崖遗址的黑陶文化与夏朝的文化特征仍存在差异性，且城子崖遗址的发掘中尚未发现直接提及夏朝的文字材料，无法直接证明夏王朝的存在，排除C项。