D

从鸦片战争结束开始，一系列不平等条约的签订使得我国的关税自主权、贸易主权等遭到破坏，之后通商口岸逐步增多，意味着中国不断丧失主权，外国商品输出的范围和程度逐步加深，所以我国在第二次鸦片战争后由对西方的外贸出超为主变为入超为主，而且入超数额不断扩大，故选D项；中国对外贸易范围的扩大是被迫的，是以主权不断被破坏为前提的，所以A项不是主要原因，经济主权不断丧失才是主要原因，排除A项；整个近代，中国的自然经济都未完全解体，B项说法不符合史实，排除B项；西方的资本输出在第二次鸦片战争后还不是合法的，占比也很小，所以不是上述现象的主要原因，排除C项。