B

根据材料可知，城市中的上层对逃亡农奴取得自由加以限制，并规定要取得市民资格或进入行会组织才能自由，这反映出城市上层希望通过这种方式巩固自身的地位和利益，如果城市依旧受到领主的严格控制，农奴逃亡到城市也难以获得自由身份，因为领主会直接干涉城市事务，而现在城市中上层能够有这样的规定，说明城市在一定程度上已经能够独立于领主之外，有自己的管理体系和规则，城市的独立日渐巩固，故选B项； 材料中提及的是城市对农奴的管理，并未体现领主对城市的控制加强，且中世纪随着城市的复兴，城市不断通过金钱赎买和武力斗争获得自治权，领主对城市的控制不断削弱，排除A项；材料中并没有提及分裂割据以及由此造成混乱的相关内容，排除C项；16—19世纪，民族国家逐渐形成，排除D项。