D

 据材料“大运河流经的东昌府是山东最重要的棉花产区，所产棉花多由江淮商人坐地收揽，沿运河运至江南，而后返销棉布”说明山东是江南的原料产地和棉布市场，而江南是棉布的生产地，棉织业发达，这体现了地区经济的差异，故选 D项；大运河是其共同的交通方式，交通方式没有变革或差异，排除A项；材料涉及的是商业和手工业，与土地制度调整无关，且明朝仍旧以地主土地所有制为主，排除B项；国家货币制度的变化不会带来国内地区差异，排除 C项。