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根据材料“借来上帝结联盟，竖起军旗反满清。金殿难堪遥圣殿，北京苦恼对南京”结合所学可知，这句诗描写的是太平天国运动。1851年洪秀全在金田村发动武装起义，建号太平天国，不久，攻克永安后，永安建制，太平天国初步建立起政权组织。1853年，太平军攻占南京，改称天京，作为都城，正式建立政权，形成了太平天国、清朝对峙的局面，故选B项；三元里人民抗英、义和团运动没有建立政权，武昌起义是在武汉而不是在南京，排除A、C、D项。