文艺复兴时期的文学家主要是通过文学的形式对教会和贵族的虚伪进行猛烈批判，强调人的价值和尊严，指导思想是人文主义，与材料“但是仍然相信宇宙是上帝按照理性计划涉及的完美结合的机器”强调理性不符，故A项错误；宗教改革的倡导者主要是打击天主教会的神权统治，使人们的思想得到解放，传播和发展文艺复兴以来复苏了的人文主义，与材料强调理性主义不符，故B符错误；材料“他们摆脱了对上帝的恐惧，……但是仍然相信宇宙是上帝按照理性计划设计的完美结合的机器”反映了启蒙运动期间反对教权主义和倡导理性主义的思想，故C项正确；进化理论的倡导者有力地挑战了封建神学创世说，与材料“但是仍然相信宇宙是上帝按照理性计划设计的完美结合的机器”内容不符，故D符错误。