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结合所学可知，美国南北战争的根本原因是奴隶制的存废问题，但这一冲突背后更深层次的是联邦的统一与分裂。林肯作为美国总统，深知维护国家统一的重要性。题目中的“更根本的问题”和“联邦的实质所在”都指向了国家的统一，A项与材料内容高度吻合，故选A项；虽然美国南北战争在一定程度上反映了资本主义与奴隶制经济的冲突，但捍卫资本主义私有制并非战争的直接或根本目的，B项与题目中的“更根本的问题”不符，排除B项；废除黑人奴隶制是南北战争的一个重要目标，但它更多是作为解决联邦统一问题的一个手段，而非根本问题本身，排除C项；美国南北战争中并未直接涉及农民的土地问题，D项与题目内容无直接关联，排除D项。