D

理证：“无证而以理断之者”，即在没有直接证据的情况下，通过逻辑推理来得出结论。题目中并未提及王国维在研究过程中使用了逻辑推理来得出结论，故①错误；
书证：引书为证，“可以补史之阙”，是指通过引用已有的书籍或文献来作为证据，以补充或证明历史记载中的不足或遗漏。《史记》《尚书》等古籍，这属于已有的书籍或文献，即书证，故②正确；
亲证：“考地理贵实践，亲历其地”，强调的是实地考察的重要性，材料中并没有提到王国维进行了实地考察，故③错误；
物证：“以新出土之金石证史”，是指利用新出土的文物（如金石、碑刻等）来作为证据，以证明或补充历史记载。甲骨卜辞作为新出土的文物，符合“物证”的定义，故④正确。选择D项符合题意。