【解析】根据所学，明初废除宰相制度后，权分六部，六部直接对皇帝负责，故①发生在明朝，根据所学，元朝中书省总理全国政务，为最高行政机构，统领六部，故②发生在元朝，根据所学，唐朝设三省六部制，尚书省下设六部，故③发生在唐朝，根据所学，1901年清廷改总理衙门为外务部，班列六部之前，六部之名渐废，故④发生在清末，按时间先后排序是③②①④，选择A项符合题意。