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根据材料“西欧许多城市通过和平协议或者暴力反抗……作为城市的行政长官”并结合所学可知，从10世纪起，西欧农业技术提高，农业剩余产品增加，商业贸易发展，人口增长，旧的城市开始复苏，新的城市不断产生，那些以手工业和商业为中心的城市发展更快，之后通过各种手段获得自治与自由，因此根本原因是商品经济的发展，故选D项；大学的兴起是在12世纪，时间不符，排除A项；封建庄园还没有解体，排除B项；城市兴起与基督教会的支持关系不大，排除C项。