C

A.“646年，孝德天皇颁布《改新之诏》，公布改革内容”属于历史史实，排除A。
B.“843年，查理曼的三个孙子缔结《凡尔登条约》”属于历史史实，排除B。
C.12世纪，大学的兴起被认为是欧洲中世纪教育“最美好的花朵”，根据题干内容可知，“最美好的花朵”是对大学在欧洲中世纪教育中所起作用的评判，故C正确。
D.“1453年，奥斯曼帝国攻破君士坦丁堡，改名为伊斯坦布尔”属于历史史实，排除D。
故选：C。
本题考查中世纪欧洲大学兴起的相关内容，准确解读材料信息。
本题考查学生调动运用所学知识，准确识记中世纪欧洲大学兴起的相关内容，有助于培养学生的历史解释素养。