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根据题意并结合所学知识可知，元朝时为了管理西藏，在中央设置宣政院管理西藏地区军政要务，在当地设置由宣政院直接统辖的宣慰使司都元帅府，征收赋税，屯驻军队，实行完整而有效的管理。从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。因此，元朝时，在西藏地区设置掌管军民各项事务的机构是宣慰使司都元帅府，故选D项；公元前60年，西汉政府设立西域都护，总管西域事务。乾隆帝时，平定回部大小和卓发动的叛乱后，设置伊犁将军管辖包括巴勒喀什池在内的整个新疆地区。元朝设置北庭都元帅府等机构管理西域的军政事务，加强对西域的管辖。因此，A.B.C项均与“西藏地区”无关，排除A.B.C项。