【答案】A

【解析】题干中对六部的职能设置及其皇帝直辖的规定，使得官员完全听命于皇帝，理藩院与六部并列，意味着皇权能够直接统辖少数民族和边疆事务，所以皇权统治的效能加强了，故选A项；题干中六部与理藩院都归皇帝直辖，体现了皇权对六部和理藩院的制约，但不是分权，而是集权于皇帝，排除B项；六部和理藩院都归皇帝管辖意味着高度的集权，而并不是行政体系趋于紊乱，排除C项；由“理藩院，与六部并列”可知，六部并不是最高政务机构，排除D项。