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据材料“基于亚里士多德的学说和科学方法，将科学和神学合二为一”可知，阿奎纳的做法，一方面把科学放到了神学的保护之下，让教士们可以不受干扰地研究科学，另一方面也导致了科学研究的教条主义，对科学研究产生了双重影响，故选B项；阿奎纳的著作虽然将科学和神学合二为一，但科学研究是为神学研究服务的，该说法错误，排除A项；阿奎纳使用的只是亚里士多德的学说和科学方法，谈不上促进了古希腊思想的复兴，直到文艺复兴时才促进了古希腊思想的复兴，排除C项；结合所学可知，随着时代发展，越来越多的现象无法再用亚里士多德的理论解释，科学家提出了新的科学定理，同时也就推翻了亚里士多德的结论，排除D项。