B

 据材料“雍正至嘉庆时期部分被批准的奏折”“征战准噶尔......驻藏大臣......新疆地方鼓铸乾隆钱二成，嘉庆钱八成，一体行用”可知，雍正至嘉庆时期，通过军事手段、设置官员、统一货币等手段，加强了对边疆地区的治理，提升了清朝时期的边疆治理水平，故选B项；据材料“征战准噶尔......驻藏大臣......新疆......”可知，奏折的内容是关于边疆治理的，而行政体系是关于国家行政机关的设置、职权的划分和运行等制度，因此行政体系的完备与主旨不符，排除A项；清朝时期，通过设立军机处、奏折制度和秘密立储制度来抑制权臣加强君主专制，这与题中的信息不符，排除C项；据材料“设驿站，以便文移以重军务事......驻藏大臣......乾隆钱二成，嘉庆钱八成”可知，雍正至嘉庆年间对边疆进行了有效的治理，封建统治危机的加剧与史实不符，排除D项。