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根据材料并结合所学知识可知，隋唐后中国士人的乡愁逐渐以乡村为主导，这与科举制度的实行密切有关。隋唐时期，科举制的形成及发展，打破了贵族垄断官场的情形，为社会下层民众提供了新的上升通道，使许多出身于乡村的寒门子弟有机会进入统治阶层，故选D项；中枢机构的创新与隋唐三省六部制的出现有关，排除A项；租佃关系即地主把部分或全部土地出租给农民耕种，收取地租作为收益。地主和佃农通过租佃契约形成剥削与被剥削的关系。宋代租佃关系日益普遍化，排除B项；材料强调的是科举制对乡愁的影响，属于政治制度方面，与商品经济发展无关，排除C项。