根据材料“若再推究得深些，则其失败，亦可以说是在文化上”“在于没有注意到民族文化传统势力之重要，只图激起革命，甚至对于传统文化加以过分的蔑弃”可知，吕思勉和钱穆认为太平天国运动的缺点和失败在于缺乏科学思想武器，不能提出先进的口号和指导思想，体现了农民阶级的局限性，C项正确；材料可以用来说明太平天国运动的缺点和失败在于缺乏科学思想武器，A项未体现，排除A项；新文化运动动摇了正统思想统治地位，不符合材料，排除B项；材料强调太平天国运动的缺点和失败在于缺乏科学思想武器，未体现深受西方近代文明的影响，排除D项。故选C项。