B

题干中提到“公共芬尼条例”的征税需要依靠教会的地方组织来实施，这反映了帝国政府在税收征收方面的依赖性和局限性。由于这种依赖性，当教会组织未能有效执行时，税收征收便遇到了困难。这体现了帝国在税收制度上的不足或缺陷。此外，哈布斯堡王室被迫取消对瑞士各邦征收帝国赋税，也反映了帝国在面对地方反抗时的无力感，进一步体现了制度上的缺陷，故选B项；材料只是提到瑞士等一些邦的反对，未提及社会其他方面以及帝国其余地区的态度，排除A项；瑞士一些邦对征税表示反对，但这更多是基于地方利益或税收政策的考虑，而非民族国家观念的体现，排除C项；材料说明税收依靠教会的地方组织，教会组织在税收征收中的角色更多是一种实施者而非阻碍者，排除D项。