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根据题干“……、是香港、澳门回归后保持长期繁荣稳定的最佳制度安排”并结合所学知识可知，我国解决香港、澳门问题的最佳制度是“一国两制”。“一国两制”就是在中华人民共和国境内，大陆实行社会主义制度，台湾、香港和澳门实行资本主义制度。该制度在香港、澳门得到了实践，故选B项；民族区域自治制度针对民族地方，排除A项；和平共处五项原则是对外交往的基本准则，排除C项；“求同存异”是1955年周恩来总理在万隆会议上提出的，与题干无关，排除D项。