改订新约运动，国民政府逐渐实现关税自主，有利于提高关税收入，故A项正确；南京临时政府成立于1912年，是前提条件但不是近代中国关税总收入增加的主要原因，故B项错误；民族经济发展出现在1913年之前，因此不是近代中国关税总收入明显变化的主要原因，故C项错误；北伐战争爆发于1926年，在1913年之后，不是关税总收入明显变化的主要原因，故D项错误。