B

据材料“市民与王权的结盟遭遇重挫，帝国城市被迫寻求新教诸侯建立同盟”可知，宗教改革使得城市与皇室信仰不一致，产生冲突，从而造成城市抛弃与王权的结盟，重新寻找与新教诸侯结盟，而这种变化会促进德意志国内的皇室势力和地方诸侯势力重组，故选B项；材料强调的是德意志政治势力的变动，而不是宗教信仰自由，排除A项；帝国城市只是获得自治权，不是获得主权地位，排除C项；宗教改革前的德意志处于分裂时期，排除D项。