B

由“每个盾牌都代表一个大诸侯”可知，神圣罗马帝国后期的这些大诸侯每一个都是一个邦国，各自相对独立，所以使得帝国四分五裂，是影响其统一的最大障碍，故选B项；这些邦国并不是教派分裂导致的，而是先有邦国林立的政治割据现象，再有宗教改革后各邦国根据“教随国定”的原则来选择各自的宗教，所以其统一的最大障碍是邦国林立的政治割据额，而不是宗教改革导致的教派分裂，排除A项；罗马天主教廷的干涉是导致德意志宗教改革的原因，而不是影响帝国统一的原因，排除C项；三十年战争结束后，1648年《威斯特伐利亚和约》签订，神圣罗马帝国逐渐演变成一个个独立的政治实体，且皇权专制维系的封建体制名存实亡，排除D项。