C

本题考查分析材料的能力。材料中给出康有为的《新学伪经考》风行后被禁止，说明该书在当时被社会人士所认同但是遭到了政府的抵制。这就反映出他的思想违背了政府的意志，与统治阶级的思想相违背。结合史实，康有为是戊戌变法的代表人物，所以在戊戌变法失败后，他的著作被政府禁止。因此本题选择C选项。《新学伪经考》是康有为自身对儒学的考究，主观意识较强，真实性不强，因此A选项错误；《新学伪经考》主要内容是考据被奉为儒家经典的古文经，目的是对儒学体系加以改造，不是介绍西方思想，因此B不选；康有为是拥护孔孟思想的，强调“托古改制”，并没有颠覆孔孟学说，D错误。