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根据所学知识可知，为了对辽阔的疆域进行有效的治理，元朝的统治者根据各地区的情况，采取因地制宜的方式，在东南地区，元朝在澎湖岛设置了澎湖巡检司，负责管辖澎湖和琉球（今台湾），这是历史上中央政府首次在台湾地区正式建立的行政机构，故选B项；宣政院是元朝负责掌管全国佛教事务并统辖吐蕃地区军政事务的机构，排除A项；1727年，清朝在西藏设置驻藏大臣，监督西藏地方政务，排除C项；1684年，清朝设置台湾府，隶属福建省，台湾府的设置，加强了中央政府对台湾的管辖，巩固了祖国的东南海防，不是首次建立，排除D项。