C

 ①项，吐蕃人是藏族的祖先，很早就生活在青藏高原一带。7世纪前期，吐蕃杰出的赞普松赞干布统一青藏高原，定都逻些。唐朝时文成公主入藏是汉藏友好交往的重要见证。故①项正确。②项，元朝时，在中央设立宣政院，负责管理藏族地区的行政事务，西藏正式成为元朝的行政区。故②项正确。③项，清军入关后，西藏的佛教首领达赖五世，亲自入京朝贺。顺治皇帝隆重接见，赐予“达赖喇嘛”的封号。故③项正确。④项，清朝设立伊犁将军，管辖包括巴尔喀什湖在内的整个新疆地区。故④项错误。综上所述，①②③正确，故本题正确答案为C。