A

根据所学可知，元朝设置澎湖巡检司，负责管理澎湖和琉球（今台湾），这是历史上中央政府首次在台湾地区正式建立的行政机构，故选A项；根据所学可知，1684年，清朝设置台湾府，隶属福建省，加强了中央政府对台湾的管辖，排除B项；元朝时期，设置宣政院，掌管西藏的军民各项事务，排除C项；1885年，清政府设立台湾省，提升了东南沿海的防卫力量，排除D项。