A

据材料并结合所学可知，元代在西南部分地区实施的土司制度是一种有效的地方政治组织形式，它强化了西南地区的统一性，促进了社会经济的发展和文化的交流与融合，而清代进行的“改土归流”加强了中央政府对西南地区的控制和管理，促进了地方经济的发展和社会稳定。同时，这一政策也推动了不同民族之间的交流和融合，为中华民族的发展注入了新的活力，故选A项；元代土司制度和清代“改土归流”在本质上是两种不同的治理方式，前者强调世袭和地方自治，后者则注重中央派遣流官进行管理，排除B项；元代土司制度根据西南地区的实际情况，利用当地少数民族首领进行治理，体现了“因俗而治”的特点。而清代“改土归流”是由中央政府主导的一项政治改革，旨在加强中央集权，巩固对西南地区的统治，排除C项；土司制度和“改土归流”都是中央政府对边疆地区的治理方式，旨在加强中央集权和维护边疆稳定，并未直接阻碍民族间的交流交融。实际上，这些政策在一定程度上促进了边疆地区的开发和社会进步，有利于民族间的交流与融合，排除D项。