C

君主专制在中国封建社会后期不断加强，故A项错误；中国封建社会后期，国家机器仍在正常运转，故B项错误；据材料“文官和农民两层面包的融合着重于尊卑男女长幼”得出中国封建社会后期儒家伦理观念深入民间社会，故C项正确；材料只提到了文官和农民两层面，故D项错误。