【答案】D

【解析】根据材料“明末徐光启以事实经验作为科学理论的有效论据……主修了《崇祯历法》和撰著了《农政全书》”并结合所学知识可知，材料反映了徐光启以“事实经验”作为科学理论的依据，这体现出徐光启具有科学研究的思维方法，故选D项；徐光启的《崇祯历法》和《农政全书》反映的是传统农业经济的发展成果，排除A项；《农政全书》总结了中国古代的农业科技成就，并没有对中国古代传统科技进行否定，排除B项；中国早期民主思想出现在近代，与反专制有关，而材料讲的是徐光启涉及历法和农学方面的科学研究的思维方法，排除C项。