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根据题干“明朝藏区政教势力赴京入贡。中央往往赏赐茶叶以还礼，入贡者将茶叶带回藏区高价出售，史称‘贡回市茶’”、“诸番恋贡市之利……终明世无番寇之患”、“藏区赴内地的贡道也逐渐与茶马商道合流，变成内地物资输往藏区的通道”可知贡回市茶有较高的利润推动了边疆地区的稳定，此外内地物资通过贡道大量输往藏区，边疆地区的稳定和内地物资的输入都推动了边疆社会的经济发展，C项正确；
据所学可知，“贡回市茶”以前，西藏已经是政教合一的政权，而且据材料也无法推断“贡回市茶”实现藏族地区政教合一，排除A项；
B项不符史实，据所学可知，明朝在“贡回市茶”以前就实现中央对藏区的直接管理，排除B项；
D项错在“消除”说法过于绝对化，“贡回市茶”内地和藏区之间加强了经济联系，有助于中央稳固对西藏的管理，但是无法消除，排除D项。