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幕府在宽永年间通过扣押葡萄牙船只货物、中断贸易、禁止渡海、取缔天主教和实施严厉的改宗等措施，旨在减少外国影响和巩固内部统治，这意味着推行闭关锁国政策，以强化幕府控制，故选D项；虽然西班牙击沉朱印船事件涉及外部冲突，但幕府的反应侧重于贸易和宗教管控而非军事防御，其措施并非直接针对殖民侵略，排除A项；幕府中断贸易和禁止渡海是限制而非参与国际贸易竞争，目的是隔离日本，而非追求经济优势，排除B项；取缔天主教虽涉及宗教层面，但主要动机是政治稳定，防止天主教徒挑战幕府的权威，而非单纯保护本土宗教信仰，排除C项。