B

据材料“巡检司多由武官充任，在长江中游市镇就有大量设置”可知，明清时期的市镇仍然设置有巡检司，巡检司多由武官充任，可见市镇仍然保留了一定的军事职能，故选B项；明清时期虽依然实行抑商政策，但市镇经济获得了一定发展，商业活动也有所放松，排除A项；材料称设置巡检司的市镇多位于长江中游，并非长江南北，排除C项；区域社会分工体现在不同地区有不同的经济活动，其产品一定程度上可以相互配合，而材料体现的是明清市镇设置巡检司，并非区域社会分工，排除D项。