D

【解析】结合材料及所学可知，太平天国运动改变了清政府的权力结构，中央集权弱化，为近代的分裂割据埋下了隐患，故D项正确。据材料“同治年间，全国地方官吏几尽为军人所占据”，可知地方督抚多出身于军人，但不能说明地方政权全部为湘军将领，另据所学可知，在镇压太平天国运动过程中，湘军、淮军和楚军将领因军功崛起，综合判断，A项错误；咸丰五年为1855年，此时洋务运动尚未开展，且太平天国运动中崛起的主要是汉族地主官僚，故B项错误；据所学可知，C项不符合史实，错误。