C

明清时期户部下设十三个清吏司，每个清吏司负责一个分省的事务，这样的设置使得管理更加精细化，能够更有效地掌握各地区的具体情况，从而做出更加合理的财政分配和税收政策。按地区划分辖司，使得户部能够更加快速地处理地方上报的财政、税收等相关事务，减少了信息传递和处理的时间，提高了行政效率。由此可知，明清时期国家治理水平有所提升，故选C项；君主专制主要表现为君主权力的加强，户部的设置变化主要体现在对国家管理与治理水平上，与“君主专制制度”无关，排除A项；明清时期，封建经济继续发展，“日益衰落”不符合史实，排除B项；明清时期户部设置的变化有利于提高行政效率，“政府行政效率低下”不符合史实，排除D项。