C

结合所学可知，明代中后期，长江三角洲一带由于商品经济的发展，大量土地用于种植经济作物，如棉花和桑树，以供纺织业之用。这导致粮食作物的种植面积减少，从而使得该地区的粮食产量不足以满足本地需求，需要从其他地区调入粮食。这种现象反映了商品经济的发展对农业生产结构的影响，故选C项；小农经济在明代中后期并未明显衰退，反而有所发展。此外，粮食不足并不能直接说明小农经济的衰退，可能更多地与经济发展、人口增长等因素有关，排除A项；题目中并未提及政府的经济控制政策，且粮食的输入输出更多受市场供需关系影响，而非政府控制，排除B项；题目中并未提及海外贸易，且海外贸易的繁荣与粮食的输入输出无直接关联，排除D项。