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根据材料信息可知，哥白尼的《天体运行论》是在他长期观察、研究和实验的基础上得出的科学结论，其强调观察、实验和逻辑推理等科学方法，蕴含着理性精神，故选D项；哥白尼的《天体运行论》提出了“日心说”，与当时盛行的“地心说”相悖，确实在一定程度上颠覆了当时传统的思想观念。但是题目中没有给出具体的信息证明该著作完全颠覆了传统思想，排除A项；《天体运行论》中的主要观点—-日心说，并不是非常科学的，材料也没有说明后世对《天体运行论》的考证，排除B项；《天体运行论》是一部天文学著作，其主要目的不是抵制陈规陋习，排除C项 。