D

据题干可知，康熙初年，云南部分土酋叛乱被平定之后，政府在该地区设置机构进行管理，调整行政区划，这就强化了清政府对边疆地区的治理力度，故选D项；据所学可知，清政府在西南大规模推行“改土归流”是在雍正年间，排除A项；题干仅是述及清政府在云南地区设置机构及调整行政区划，并没有涉及“治理范围”问题，排除B项；“因俗而治”指的是根据不同地区和民族的习俗和文化特点来实施政治和社会管理，而题干述及的是设置机构与调整行政区划，这与“因俗而治”无关，排除C项。