C

材料提及红山文化古国和良渚文化古国都以神权为主导，其自行萎缩或被其他文化取代、融合或同化，而仰韶文化古国以军权、王权为主，成为了中华文明史的主干，由此可见权力配置差异确实对文明的前途有着不同的影响，故选C项；“神权国家是早期文明的必然选择”不合史实、题意，与早期文化仰韶文化却是“军权、王权相结合的王权国家”相悖，排除A项；“殊途同归”不合题意，红山文化古国和良渚文化古国“自行萎缩或者被别的文化取代、融合或同化”，而仰韶文化“成为中华文明史的主干”相悖，排除B项；中华文明是多元起源的，排除D项。